Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи...

Уже многие годы человечество ведёт борьбу с титанами — огромными существами, которые не обладают особым интеллектом, зато едят людей и получают от этого удовольствие. После продолжительной борьбы остатки человечества...