Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи...

С обычным студентом Кэном Канэки случается беда, парень попадает в больницу. Но на этом неприятности не заканчиваются: ему пересаживают органы гулей – существ, поедающих плоть людей. После злосчастной операции Канэки...

Старшекласснику Лайту Ягами в руки попадает тетрадь синигами Рюка. Каждый человек, чьё имя записать в эту тетрадку, умрёт, поэтому Лайт решает бороться со злом на земле....